يتولى مجلس إدارة جمعية يقين الخيرية - إندونيسيا الإشراف العام على مسيرة الجمعية، ورسم توجهاتها الاستراتيجية، والتحقق من التزامها بنظامها الأساسي وضوابطها التأصيلية. ويضم المجلس نخبة من الأعيان وأهل القرآن ممن جمعهم الحرص على خدمة كتاب الله، ويحرص على أن تسير الجمعية وفق أعلى معايير الحوكمة والمساءلة، خدمةً للأمانة المنوطة به تجاه المتبرعين والمستفيدين على حدٍّ سواء.